Romskipet passerte månen 254 kilometer over måneoverflaten, og 400 171 km fra jorda. Det er det lengste mennesker noen gang har reist fra jorda. Oppdraget ble ledet av James A. Lovell, med John L. ”Jack” Swigert som pilot av kommandoseksjonen, og Fred W. Haise som pilot av månelandingsfartøyet.

Nesten 56 timer inn i oppdraget, da Apollo 13 var 200 000 mil unna jorda, hørte mannskapet et høyt smell. Først trodde de det var en meteor som hadde truffet månelandingsfartøyet. De mistet kontakten med mannskapet på jorda i 1.8 sekunder, før systemet gjenopprettet forbindelsen. Like etter smellet rapporterte Lovell at de mistet kraften i en av romskipets hovedstrømkretser. Målere viste at én av to oksygentanker var tomme, og innen minutter sluttet fartøyets første og tredje brenselceller å fungere. Lovell kunne se gjennom vinduet at romskipet lekket en slags gass ut i verdensrommet, og i løpet av de neste 130 minuttene mistet skipets andre oksygentank også all oksygen. Oksygennivået i kommandoseksjonen sank til null.

Måten systemet hadde blitt bygget på gjorde det umulig for romskipet å lande trygt uten å slå av vanntilførselen og all strømmen på skipet. Siden serviceseksjonen hadde blitt skadet var det ikke mulig å slå av strømtilførselen. Den alvorlige situasjonen gjorde at sjefen for Apollo-prosjektet avlyste resten av romfarten. Nyheten om den uheldige hendelsen ble delt med kommandosenteret, og det er herfra vi kjenner de berømte ordene: «Houston, vi har et problem.»