Med tiden oppstod likevel konfliktene mellom urbefolkningen og de nye bosetterne. Etter hvert som sivilisasjonen vokste og dannet nasjoner, mente den øvrige befolkningen at det slett ikke var plass til den samiske kulturen og de samiske tradisjonene. Styresmaktene bestemte at samene skulle tilpasse seg. Det betydde at samene måtte legge vekk alt som var samisk - språk, kultur og tro. Det ble bestemt at samene skulle glemme sin egen identitet og bli norske, svenske, finske eller russiske - avhengig av hvor de bodde. Samene skulle kristnes og gå i kirken, og de skulle lære norsk både skriftlig og muntlig.

Grunnleggende rettigheter ble også fratatt samene. Hvis en same ville beholde landområdene sine, måtte hun eller han få seg en utdannelse og snakke perfekt norsk. Barn fra samiske familier ble revet vekk fra foreldrene, og satt på norske internatskoler allerede i seks-syvårsalderen. Der fikk de bare lov til å snakke og skrive norsk, ikke samisk. I Norge og Sverige ble i tillegg noen samiske kvinner sterilisert. Dette var et inngrep