dag i dag en skamplett i amerikansk historie. Og en hendelse som styrket Fidel Castros regime og nærhet til erkefienden Sovjet. Allerede året etter ble det oppdaget at Sovjet var i ferd med å plassere mellondistanse atomraketter på Cuba. Det utløste en stor krise fordi Sovjet dermed kunne true det amerikanske fastlandet med atomvåten, noe som igjen forykket den skjøre balansen mellom atommaktene. Verden stod nå på randen til atomkrig og Kennedy valgte å sette hardt mot hardt. Sovjet bøyde av i siste liten og rakettene ble aldri levert på Cuba. Hendelsen satte fart i arbeidet med nedrustning og den 25. Juli 1963 kunne Kennedy undertegne en testforbuds-traktat med Sovjetunionen.

Vietnamkrigen raste i JFKs presidentid, og i motsetning til den anti-krig holding han hadde vist før han inntok Det hvite hus, økte han det amerikanske militære engasjement i Vietnam. Mange mener at Kennedys støtte til Sør-vietnam var en måte å vise frem USAs styrke ovenfor Sovjetunionen.