I 2004 utnevnte FC Porto Jose Mourinho som trener. Han viste umiddelbart sin utadvendte personlighet ved å kunngjøre at klubben hans ville vinne neste sesongs ligatitel. Han var tro mot sitt løfte. I løpet av denne tiden hadde Porto-laget mange talentfulle og dyktige spillere – Ricardo Carvalho, Maniche, Pedro Emmanuel, Paulo Ferriera, Deco og Nuno Valente. De vant ligaen 11 poeng foran Benfica, og slo Glasgow Celtic i UEFA Cup-finalen.

Mourinho brakte laget til Champions League-finalen i 2003/4, hvor de slo Monaco 3-0 – og sikret seg dermed troféet for andre gang.

Mourinhos tidligere assistent Andre Villas-Boas tok over roret i 2010, og sikret Portos 25. mesterskap. Laget bestod da av blant andre Silvestre Varela, colombianske Radamel “Falcao” Garcia Zarate, brasilianske Givanildo Vieira de Sousa (“Hulken”), og Joao Moutinho. I løpet av denne sesongen slo Porto flere portugisiske rekorder, inkludert rekorden om størst avstand mellom mestere og andre plassen med 21 poeng, rekorden for flest