Frederik 2. bestemte nå at den nedbrente byen Sarpsborg skulle bli flyttet til munningen av Glomma og få navnet Frederikstad. Oslo ble bestemt flyttet til den andre siden av Bjørvika, og her reiste det seg en ny by i årene som fulgte. Et svensk innfall i Østfold ble det siste som skjedde under denne krigen. Det resulterte i at den nye byen Frederikstad ble brent til grunnen.
I Sverige ble Erik 14. avsatt i et kupp 29. september 1568. Kuppet ble ledet av hans halvbrødre Johan og Karl, etter at Erik 14.s sinnssykdom hadde satt sine spor både i statsstyringen og i krigføringen mot Danmark-Norge. Erik blev fengslet, og Johan 3. overtok den svenske tronen. Viljen til fred var blitt større etter tronskiftet, og ettersom
Erik Rosenkrantz
Erik Rosenkrantz (1519–1575) kom fra en dansk adelsfamilie og var medlem av det danske riksrådet. 21. juli 1560 kom han til Bergen, der han var lensherre på Bergenhus fra 1560 til 1568.
Som lensherre var Rosenkrantz øverste sivile og militære leder i området. Tiden som lensherre ble preget av den nordiske sjuårskrigen. Han satte opp en styrke på 4000 mann av bønder fra Nordhordaland og Sunnhordaland, og med denne styrken seilte han nordover i april 1564 sammen med Erik Munk og befridde Steinvikholm festning. I 1567 samlet han en ny styrke av bønder fra Vestlandet for å komme Akershus festning, som var truet av svenskene, til unnsetning. Blant bøndene var det stor motstand mot å gjøre krigstjeneste, og i 1568 sendte kongen en granskningskommisjon til Bergen for å høre klagemål fra bøndene. Kommisjonens konklusjon er ikke kjent, men kort tid etter søkte Rosenkrantz avskjed, som han fikk innvilget.