Tilbake i Trondheim satt nå Erik Munk, og på vegne av Frederik 2. krevde han at alle borgere og bønder skulle sverge troskapsed til den dansk-norske kongen. I utgangspunktet skulle de som hadde vist seg forræderske og illojale, bli hengt, men det kom ikke til noe større oppgjør med disse. Alle sverget ed til Frederik 2., og livet gikk videre.
To ganger senere i krigen kom svensker over grensen og viste seg ved Steinviksholm – i desember 1564 og i mars 1656. Det ble ikke utkjempet noe slag, men svenskene var svært brutale i sin plyndring av bondegårdene i området. I Jämtland og Härjedalen ble de svenske styrkene derimot stående fram til freden i Stettin i 1570.
Etter et år med uro stilnet det av Nordafjells. Det ble derimot langt mer aktivitet i sør. Tapet av Älvsborg hadde ført til at svenskene ved flere anledninger forsøkte å innta Båhus festning, uten å lykkes. I 1567 angrep Erik 14. Østlandet med Akershus festning som det viktigste målet. Nordmannen Enno Brandrøk hadde klart å overbevise den svenske kongen om at nordmennene var gått lei av det danske styret, og at de ville hilse Eriks tropper velkommen.
I februar rykket en stor svensk styrke under ledelse av Jon Siggesön inn fra Dalarna gjennom Østerdalen og sørover forbi Hamar til Akershus festning. Bygdene ble plyndret og brent, og bare noen få bønder slapp unna ved å betale brannskatt. På Akershus festning satt Christen Munk og ventet på svenskene. Festningen var sterk og enkel å forsvare. For å unngå at svenskene skulle få husrom og muligheter til å plyndre, ga han ordre om at innbyggerne skulle flykte og byen settes i brann.
Da svenskene ankom, lå nesten hele byen i ruiner. De omringet festningen og startet beleiringen, men de hadde ikke med seg kanoner som var grove nok til å kunne slå hull i festningsmurene, og de ba derfor om nye, større kanoner fra Sverige. Forsterkninger kom under ledelse av Tönnes Olofsson. Denne styrken hadde rykket inn fra sør og møtt tyske leiesoldater i dansknorsk tjeneste ved Sarpsborg, som etter en kort trefning hadde trukket seg tilbake.