som kom inn. Bayern fikk til slutt plass i Tysklands toppnivå to år senere, med et lag som inneholdt en trio av unge spillere som skulle bli kjent som noen av de beste spillerne i Tyskland - Gerd Müller, Franz Beckenbauer og Sepp Maier.

I løpet av sin første sesong i den tyske førstedivisjonen, havnet Bayern på en respektabel tredjeplass. Laget vant i tillegg DFB-Pokalen. Dette betydde at de kunne spille i Cup Winners’ Cup den følgende sesongen, som de vant ved å beseire Glasgow Rangers. I et neglebitende høydepunkt i kampen scoret Franz Roth det vinnende målet på overtid.

I 1967 beholdt Bayern den tyske cupen, men mangel på fremgang i ligaen førte til at Branko Zebec ble trener. Som spiller hadde Zebec