minne opprettholdes av en av klubbens fanatiske tilhengergrupper som kaller seg Schickerina Ultras.

Bayern ble nedgradert på midten av 1950-tallet, men gjorde comeback neste sesong. De vant DFB-pokalen for første gang og slo Fortuna Düsseldorf 1-0 i finalen. Til tross for suksess på banen, slet Bayern med økonomien, og gikk nesten konkurs på slutten av tiåret. Den tyske entreprenøren, Roland Endler, investerte i klubben for å få dem tilbake på beina, og endte opp med å lede klubben de neste fire årene.

Den neste store endringen i tysk fotball kom i 1963 da de separate regionale divisjonene ble samlet i én nasjonal liga. Bundesliga ble født, med fem klubber fra den sørlige divisjonen. Dessverre for Bayern var det den lokale rivalen deres, 1860 München, som hadde avsluttet forrige sesong som tittelvinnere. Bayern kom på tredje plass. Bundesliga ville ikke inkludere to lag fra samme by, dermed var det bare 1860 München