av denne tiden ble nemlig all fotball i Tyskland suspendert.

Etter at krigen var over i 1918, vant Bayern en rekke regionale konkurranser og sikret sitt første sør-tyske mesterskap i 1926. De gjentok denne prestasjonen to år senere, før de tok sin første nasjonale tittel i 1932. På den tiden ble de trent av Richard Kohn med kallenavnet ‘Little Dombi’, som ledet laget til tysk mesterskap. De beseiret Eintracht Frankfurt 2-0 i finalen.

Da nazistregimet steg i Tyskland på 1930-tallet var det en vanskelig tid for hele landet, spesielt for det jødiske samfunnet. Bayern ble sterkt påvirket fordi både klubbpresidenten, Kurt Landauer, og treneren deres var jødiske. De ble tvunget til å forlate landet. Mange andre som var tilknyttet klubben ble offer for nazistene, og klubben ble merket som “jødisk klubb”. Dermed fikk blant annet den lokale klubbrivalen 1860 München, mer støtte av supporterne takket være den raskt voksende nazibevegelsen. Josef Sauter ble Bayern-president i 1943. Han var det eneste nazistpartimedlemmet som hadde en stilling i klubben.

En avgjørelse om at fotballspillere måtte være amatører påvirket klubben. I årene som fulgte, kjempet Bayern for å oppnå anstendig ligaform, og klarte ikke å komme høyere enn midt på tabellen i den regionale ligaen. Bayern ble medlem av den tyske førstedivisjonens sørlige avdeling, Oberliga Sud. På den tiden ble divisjonen delt i fem avdelinger. Bayerns form gikk opp og ned, og mellom 1945 og 1963 ansatte og sparket de totalt 13 trenere. I 1947 kom Landauer tilbake fra eksil og ble utnevnt til klubbpresident. Dette varte frem til 1951,som er den lengste perioden for noen i denne stillingen. Mange mener at det er takket være Landauer at Bayern ble en profesjonell fotballklubb. Hans