De var ikke klar over at folket fra Athen og Peloponnes var så overrasket over hvor raskt Aleksander og hans hær marsjerte, at de ventet med å se hva som ville skje før de bestemte seg. En av Aleksanders generaler, Perdikkas, angrep murene, og kom seg inn i byen. Aleksander fulgte så etter med resten av hæren. Makedonerne stormet inn i byen, og 6000 fra Theben døde, og 30.000 ble solgt som slaver. Byen ble rasert, og bare templene og huset til en dikter ved navn Pindar ble spart fra total ødeleggelse. Dette ble et eksempel for resten av Hellas og Athen - de andre greske bystatene tenkte seg om, og ba ikke om å bli frie igjen. Hellas var nå under makedonsk styre.