Hellas tapte slaget ved Khaironeia, og Aleksander fikk vist frem hvor heltemodig han var ved å overvinne Hellas´ aller beste soldater - Thebens hellige bande. Denne eliteenheten hadde gått fra seier til seier, men ble brutalt stoppet av de makedonske falankser. Kort tid etter makedonerne vant over Hellas ved Khaironeia, ble det trøbbel i familien til Aleksander, da Filip giftet seg med Kleopatra, en makedonsk adelskvinne.

Aleksander flyktet til Epirus, og tok med seg moren sin, siden livet i hoffet ikke lenger var trygt for noen av dem. Selv om han fikk lov til å komme tilbake senere, var han fortsatt alene og usikker i Makedonia. Filip var i gang med invasjonen av Perserriket på våren i 336 f.Kr, da kongen ble drept av en ung makedonsk adelsmann. Kongens drøm om å erobre Perserriket måtte oppfylles av hans sønn og arving, kong Aleksander den III.