deprimert i perioder, og i 1894 ble hun lagt inn på Kommunehospitalets 6. avdeling (psykiatrisk avdeling).

Ekteskapet ble dårligere etter dette, og i 1899 ble Amalie og Erik separert. Amalie ble boende sammen med datteren. I 1901 fikk hun kunstnerlønn i Danmark, altså lønn fra staten for å skrive bøker. Dette fikk hun aldri fra den norske stat, selv om hun hadde søkt mange ganger. Amalie døde i København 15. mars 1905 etter å ha vært syk i kort tid. Hun ville selv at det skulle stå «dansk borger, dansk undersaat, dansk forfatter» på urnen hennes, så hun følte seg nok litt sviktet av hjemlandet sitt. Det er likevel i Norge hun er mest kjent.

Selv om hun døde i 1905, ble Amalie populær igjen på 1970-tallet. Da vokste feminismen (kampen for kvinners rettigheter) frem, og både ekteskaps- og sinnssykehusromanene ble lest, og ikke minst snakket om, på nytt.