Hun reiste til Scutari (nå Üsküdar), hvor de syke og sårede soldatene fra Krimkrigen ble fraktet, for å hjelpe dem.
Da hun kom frem, ble hun sjokkert over hvor ille det sto til på sykehuset. Mange av de sårede var uvasket og måtte sove i overfylte, skitne rom uten tepper eller skikkelig mat.
Florence visste at sykdommer som tyfus, kolera og dysenteri kunne spre seg raskt under slike forhold, og nettopp dette var grunnen til at dødsraten var veldig høy blant de sårede soldatene. Blant de døde var det nemlig bare en av seks som døde av selve skadene. Resten døde av infeksjoner og sykdom!
Florence satte i gang en rekke endringer – og oppmuntret sykepleierne som jobbet under henne til å gjøre det samme. Til sammen var det 34 sykepleiere der, fra en rekke forskjellige religiøse ordener.